Mit 3,99 Meter in der Länge, 1,64 Meter in der Breite und 1,50 Meter in der Höhe ist der Fabia II rund zwei Zentimeter länger und vier Zentimeter höher und schmaler als sein Vorgänger. Dadurch wächst der Kofferraum von 260 auf 300 Liter. Bei umgeklappter Sitzbank und dachhoher Beladung wuchs das Volumen von 1016 auf 1163 Liter. Seit Ende 2008 gibt es eine chinesische Version mit dem Namen Fabia Jing Rui.

Im September 2007 wurde auf der IAA dann auch der neue Combi vorgestellt. Die Kombi-Variante des Fabia I wurde noch bis Ende 2007 produziert, war allerdings seit Mitte 2007 nicht mehr bestellbar.

Der neue Combi ist in seinen technischen Daten der Limousine sehr ähnlich, verfügt über denselben Radstand und ist in denselben Motorisierungen erhältlich. Die Gesamtlänge des neuen Modells wird vom Hersteller mit 4239 mm angegeben.^[3] Auch der neue Combi legte in den Innenmaßen gegenüber seinem Vorgänger zu. Das Kofferraumvolumen stieg auf 480/1460 l bzw. seit 2010 auf 505/1485 l (vormals 426/1225 l). Der Fabia II Combi ist seit dem 22. November 2007 in Deutschland bestellbar.

Auf der IAA 2007 wurde zudem eine Studie namens Fabia Scout vorgestellt.^[4] Bei dieser Version handelt es sich um eine modifizierte Variante des neuen Combi ergänzt um Geländewagen-Elemente wie beispielsweise eine Kunststoffverkleidung.

Außerdem wurde eine spritsparende Version im Rahmen der Modellreihe GreenLine präsentiert.^[5]

Im Oktober 2010 stellte Škoda eine überarbeitete GreenLine-Version des Fabia vor. Durch den Einsatz eines 1,2-Liter-Common-Rail-Diesel mit 55 kW (75 PS), eine Start-Stopp-Automatik, Rekuperation (Bremskraftrückgewinnung), rollwiderstandsarme Reifen, die Anpassung des Motorsteuergerätes sowie aerodynamische Veränderungen an Karosserie und Unterboden verbrauchen der Fabia und der Fabia Combi kombiniert laut Hersteller 3,4 l/100 km, der CO₂-Ausstoß beträgt 89 g/km.^[6]

Eine Lieferwagenvariante (Fabia Praktik) gibt es vom Škoda Fabia II nicht mehr, da diese Rolle vom neuen Škoda Praktik übernommen wird, der auf dem Roomster basiert. 2007 gab es ein Konzept mit dem Namen Fabia Super 2000.^[7]

Die zweite Auflage des Fabia wurde zeitgleich mit dem Roomster entwickelt und gestaltet. Wie der Roomster wurde auch der Fabia mit dem red dot award für sein Design ausgezeichnet.