Der Toyota Yaris der ersten Generation ist der Nachfolger des Toyota Starlet^[5] und des Schrägheckmodells des Toyota Tercel. Es standen Ottomotoren mit 1,0 und 1,3 l und der variablen Ventilsteuerung VVT-i sowie ein 1,4-l-(D4-D)-Common-Rail-Turbo-Dieselmotor (55 kW) zur Wahl, bis auf den Dieselmotor sind alle Motoren mit zwei obenliegenden Nockenwellen (DOHC) und Vierventiltechnik ausgestattet. Außerdem wurde in einigen europäischen Ländern eine Sportversion namens Yaris TS mit einem 1,5-l-VVT-i-Saugmotor und 105 PS angeboten. In der Schweiz erschien eine limitierte Sonderauflage mit einem 1,5-Liter-Turbomotor mit 110 kW (150 PS) mit dem Namen Yaris TS Turbo. Der Toyota-Haustuner TTE bietet außerdem einen Kompressor-Kit an, der den 1,5-Liter-Motor auf 140 PS bringt.^[6] Entworfen wurde der Yaris von Sotiris Kovos.

Das Armaturenbrett ist nicht vor dem Fahrersitz, sondern zur Mitte versetzt angeordnet. Im dort angebrachten Kombinationsinstrument werden die Instrumente und Kontrollleuchten durch eine Fluoreszenzanzeige dargestellt. Der Yaris TS sowie der TS Turbo jedoch haben im Gegensatz zu den anderen Modellen keine Fluoreszenzanzeige, sondern wieder konventionelle Instrumente, allerdings ebenfalls in zentraler Position.

Das Fahrwerk hat vorn MacPherson-Federbeine, hinten eine Starrachse;^[7] in Verbindung mit dem 1,5l-Ottomotor und dem 1,4l-Diesel hat der Wagen auch hinten Einzelradaufhängung.^[8][9]

Die erste Generation war in Europa ab Frühjahr 1999 erhältlich, in den USA und in Kanada kam das Stufenheckmodell und Coupé als Toyota Echo im Sommer 1999 auf den Markt. Während 2000 in den USA 48.876 Exemplare verkauft wurden, waren es im Jahr 2001 42.464, im Jahr 2002 30.859 und im Jahr 2003 nur noch 26.167. Somit gilt das Auto dort als nicht besonders erfolgreich – im Gegensatz zu Deutschland, wo es sich um Toyotas meistverkauftes Modell handelt. In der Volksrepublik China wird der Yaris P1 seit 2002 unter dem Namen Xiali Vizi angeboten.

Im Frühjahr 2003 erhielten Yaris sowie Yaris Verso ein Facelift.

2004 wurden in Deutschland 22.536 Fahrzeuge dieses Typs neu zugelassen. Er belegte damit Platz 36 der Statistik. 2005 belegte der Yaris in der ADAC-Pannenstatistik den vierten Platz.